Pembiayaan daerah
Dalam pelaksanaan otonomi daerah, sumber dana guna membiayai pelaksanaannya harus digali secara optimal bagi daerah. Daerah yang PAD-nya kurang karena daerah yang kurang potensial hanya dapat bergantung pada dana alokasi dari pusat. Masalah yang dapat timbul akibat hal ini antara lain terhambatnya pembangunan dan kesenjangan antardaerah akan meningkat.
SDM (Sumber Daya Manusia)
Dalam pelaksanaan otonomi daerah, dibutuhkan tenaga-tenaga dan SDM yang berkualitas yang mampu mengelola daerahnya dengan baik. Jika dilihat dari sisi pemerintah, tenaga yang memiliki sifat pemikir, memiliki orientasi yang jelas dan baik, serta mampu memajukan daerahnya sangat dibutuhkan. Dari sisi masyarakat diperlukan tenaga terdidik yang ahli sebagai motor penggerak dan pelaksana pembangunan. Masalah SDM merupakan masalah serius yang dihadapi sebagian desa di tanah air.
SDA (Sumber daya Alam)
SDA dan SDM merupakan 2 unsur terpenting dalam perkembangan suatu daerah. Daerah yang tingkat kesuburan lahannya tinggi, tentu akan dapat dengan mudah melakukan pembangunan dan mendapat tambahan perolehan dana, sehingga kesejahteraan rakyatnya lebih terjamin. Berbeda dengan daerah yang gersang, tidak ada lahan yang bisa dimanfaatkan, dan tidak memiliki sumber daya alam lain seperti bahan tambang, mereka hanya bisa mengandalkan subsidi pemerintah, maka pembangunannya akan terhambat.
Kesenjangan Antardaerah
Indonesia sebagai negara kepulauan, memiliki banyak penduduk yang tersebar yang berada di tiap pulau. Jawa sebagai pusat pemerintahan tentunya memiliki pembangunan yang baik beserta sarana dan prasarananya. Berbeda dengan pulau lain, yang memiliki tingkat pembangunan di bawah pulau Jawa. Tingkat kemakmuran yang berbeda-beda dapat berpotensi menimbulkan keirian antardaerah yang berdampak dapat mengancam kesatuan dan persatuan bangsa.
Langkah Penyelesaian Masalah
v Identifikasi masalah, berupa pendataan masalah yang dialami oleh setiap daerah.
v Menentukan skala prioritas dari yang terjadi berdasarkan permasalahan mana yang mendesak dan harus diselesaikan secepatnya.
v Menentukan sumber permasalahan. Dengan mengetahui sumber permasalahan, maka dapat ditentukan cara penyelesaian.
v Menentukan alternative pemecahan masalah dengan segala pertimbangan biaya, resiko, dan dampak lain.
v Merumuskannya dalam suatu kebijakan, seperti UU dan Perda.